Возможность использования виртуальных машин для исследования функциональной организации живых клеток проистекает из того факта, что живая клетка может рассматриваться в качестве вычислительного устройства, и ее логическая архитектура может изучаться отдельно от физической структуры. Виртуальные машины (ВМ), повторяющие логическую организацию живой клетки, могут быть использованы для моделирования регуляции биохимических процессов, а также служить в качестве целевой архитектуры для специализированных языков моделирования клеточного метаболизма. Использование ВМ также может улучшить возможности программ автоматической аннотации генома и способствовать углублению понимания логической организации живых систем. В данной работе представлена спецификация для новой виртуальной молекулярно-биохимической машины, прототип ее реализации, а также графический язык для ее программирования. Приводится обсуждение, как представленная ВМ может быть использована для программирования молекулярно-биологических процессов.